Dzielnica Fordon podzielona jest na następujące osiedla (z zachodu na wschód):
Eskulapa – osiedle mieszkaniowe rozwijające się od 2000 roku, gdzie mieści się m.in. Centrum Onkologii im. prof. Franciszka Łukaszczyka, Centrum Rehabilitacji i Sportu, dom Sue Ryder
Akademickie – położone między ulicami: Akademicką i Fordońską, mieści m.in. kampus Uniwersytetu Technologiczno-Przyrodniczego im. J.J. Śniadeckich oraz tereny leśne, w tym przeznaczone na park przy ul. Rejewskiego.
Przylesie – najbardziej na zachód wysunięte fordońskie osiedle bloków wielorodzinnych (wznoszonych w okresie 1985–1988) oraz domów szeregowych budowanych w latach 80 i 90 ubiegłego wieku, położone między ul. Akademicką a Zboczem Fordońskim.
Bohaterów – osiedle bloków wielorodzinnych (wznoszonych w okresie 1982–1985) położone między ul. Akademicką / Andersa, a Zboczem Fordońskim, od zachodu poprzez ul A. Fiedlera graniczy z osiedlem Przylesie.
Bajka – osiedle bloków wielorodzinnych (wznoszonych w okresie 1983–1986) ograniczone ulicami: Akademicką, Andersa i Brzechwy, dysponuje też terenem leśnym.
Szybowników – osiedle bloków wielorodzinnych (wznoszonych w okresie 1985–1988) oraz domów szeregowych wzniesione w latach 80 i 90 ubiegłego wieku, położone u podnóża Góry Szybowników, ograniczone ulicami: Kleeberga, Andersa i Zboczem Fordońskim.
Sielskie – niewielkie osiedle położone w centrum dzielnicy, między ul. Andersa, Brzechwy, Kasztelańską, a linią kolejową, mieści m.in. dawny stadion Wisły Fordon w gestii klubu Zawiszy Bydgoszcz.
Wyszogród – osiedle położone między Wisłą a linią kolejową, mieszczące m.in. grodzisko Wyszogród i park Milenijny.
Tatrzańskie – osiedle bloków wielorodzinnych (wznoszonych w okresie 1988–1992) położone u podnóża Zbocza Fordońskiego, ograniczone ulicami: Andersa, Orląt Lwowskich.
Kasztelanka – osiedle położone między ulicami: Kasztelańską, Andersa, Ryńskiego, Swobodną, Wyzwolenia, od południa graniczące ze Starym Fordonem.
Stary Fordon – położony między Wisłą na południu i wschodzie, ul. Ametystową na zachodzie i Kryształową na północy, mieści średniowieczne miasto lokacyjne Fordon, włączone w 1973 roku w skład miasta Bydgoszczy.
Nad Wisłą – osiedle zlokalizowane na północ od Starego Fordonu, między ul. Kryształową, Ryńskiego, a Bortnowskiego na północy, mieści zabudowę wielo- i jednorodzinną
Niecponie – położone na wschód od osiedla Nad Wisłą, między granicą zabudowy na terenie nadzalewowym a Wisłą, mieści m.in. działki rekreacyjne, brak tu zabudowy z uwagi na możliwość zalania terenu w razie przerwania wałów przeciwpowodziowych; przed regulacją rzeki w końcu XIX wieku, istniały tu starorzecza oraz kępy przedzielone odnogami Wisły.
Powiśle – obszar niezabudowany zlokalizowany na terenie zagrożonym zalaniem w razie przerwania wałów przeciwpowodziowych, położony między ul. Bora-Komorowskiego na zachodzie, Zofińską na południu, Sudecką na północy oraz Wisłą na wschodzie, przed regulacją Wisły w końcu XIX wieku znajdowało się tu roztokowe koryto rzeki.
Pałcz – osiedle, którego nazwa nawiązuje do dawnej wsi, zabudowa mieszkaniowa wielorodzinna rozwijająca się po 2000 roku, położone między ul. Bora-Komorowskiego na wschodzie, ul. Andersa na zachodzie, ul. Geodetów na północy i ul. Bortnowskiego na południu.
Niepodległości – osiedle bloków wielorodzinnych wznoszonych po 1990 roku, położone między ul. Andersa na wschodzie, ul. Pelplińską na zachodzie, ul. Geodetów na północy, a ul. Orląt Lwowskich na południu.
Zofin – osiedle, którego nazwa nawiązuje do dawnej wsi, położone u podnóża Zbocza Fordońskiego, od południa graniczy z osiedlem Tatrzańskim (ul. Orląt Lwowskich), a od wschodu z osiedlem Niepodległości (ul. Pelplińska); zabudowa wielorodzinna i szeregowa rozwija się po 1990 roku.
Łoskoń – obszar obejmujący północne rubieże dzielnicy Fordon, którego nazwa nawiązuje do dawnej wsi, rzadko zabudowany z uwagi na możliwość zalania terenu w razie przerwania wałów przeciwpowodziowych, mieści m.in. oczyszczalnię ścieków Fordon oraz dawne starorzecza, których geneza wiąże się z czasami przed 1870 rokiem, gdy Wisła nie była jeszcze uregulowana
Mariampol – osiedle, którego nazwa nawiązuje do dawnej wsi, o dość rzadkiej, lecz rozwijającej się zabudowie, położone na górnym tarasie Fordonu w pobliżu Lasu Jarużyńskiego; podzielone na Mariampol Górny i Dolny
Górny Taras – obszar ograniczony od południa i wschodu Zboczem Fordońskim, przeznaczony docelowo pod zabudowę mieszkaniową i usługową, do 2010 roku praktycznie niezabudowany, „fordoński interior” służący rekreacji mieszkańców dzielnicy.
Niekiedy w skład szeroko pojętego Fordonu zalicza się również jednostkę urbanistyczną Brdyujście.