Miejscowość Wyszogród (Bydgoszcz) została wzmiankowana po raz pierwszy w 1113 roku w kronice Galla Anonima, w której opisał on zdobycie w 1112 roku Wyszogrodu przez Bolesława Krzywoustego. W ich wyniku gród został spalony, a jego odbudowa trwała wiele lat. Według pierwszego znanego dokumentu z 1145 roku właścicielem Wyszogrodu był Janusz Wojsławic z rodu Ogończyk (herb szlachecki-Powałów. Wiadomo, że za czasów Powałów funkcjonował targ, karczmy i komora celna. Erygowano też parafię wyszogrodzką. W tym czasie był to ważny gród obronny na południu Pomorza Gdańskiego, strzegący przeprawy przez Wisłę. W 1242 roku książę kujawski Kazimierz I Konradowic zbrojnie, przy pomocy wojsk krzyżackich, przejął kasztelanię wyszogrodzką. Podczas rozbicia dzielnicowego gród przez krótki czas był stolicą księstwa wyszogrodzko-bydgoskiego. Przez następne lata kasztelania wielokrotnie zmieniała swoją przynależność, by wreszcie w 1296 roku za sprawą Władysław I Łokietka, zostać włączoną do księstwa inowrocławskiego. Z uwagi na duże znaczenie strategiczne, 12 maja 1330 roku gród został – rzekomo w odwecie za liczne napady – zaatakowany przez zakon krzyżacki pod wodzą komtura ziemi chełmińskiej Ottona von Lauterberga. W bitwie zginęła 200-osobowa załoga, a twierdza została spalona i doszczętnie zburzona. Mieszkańcom Wyszogrodu nakazano się przenieść w inne miejsce, 2 km na północny wschód.
21 października 1382 roku książę Władysław Opolczyk ulokował miasto na prawie chełmińskim w obecnym miejscu. W dniu 3 lipca 1424 roku król Władysław II Jagiełło wydał nowy przywilej lokacyjny na prawie magdeburskim, używając po raz pierwszy obecną nazwę Fordon. W roku 1600 ówczesny proboszcz Baltazar Miaskowski wzniósł murowany kościół św. Mikołaja w Bydgoszczy. Około 1617 roku miasto doszczętnie zniszczył ogromny pożar, do tego stopnia, że król zwolnił mieszczan od płacenia podatków. W 1656 roku całkowitą zagładę przyniósł miastu potop szwedzki. Szwedzi spalili miasto. Rozmiar zniszczeń był tak wielki, że ludność nie była w stanie odbudować swych domostw. W 1665 roku podjęto decyzję o odbudowie kościoła. W mieście mieszkało wielu Żydów, z tego powodu w roku 1699 zbudowano nową synagogę, bo poprzednia została zniszczona podczas potopu szwedzkiego. Początek XVIII w. przyniósł największe zniszczenia dla Fordonu.Wojna północna przyczyniła się do wyludnienia miasta, ponadto wielokrotne pożary, a także powódź spowodowały, że w 1726 roku pisano o Fordonie jako o „ubogim miasteczku”.
5 grudnia 1772 roku w wyniku pierwszego zaboru pruskiego Fordon znalazł się pod panowaniem Prus. Po niedługim czasie miasto wcielono do Księstwa Warszawskiego, a 6 czerwca 1812 roku w pobliżu odpoczywał wraz ze swoim wojskiem cesarz Napoleon Bonaparte. W 1853 roku w byłym budynku komory celnej utworzono Zakład Karny Bydgoszcz Fordon (dom poprawczy a późniejsze więzienie) dla kobiet. W 1859 roku powstała Ochotnicza Straż Pożarna, dla której w 1909 roku wybudowano remizę. W latach 1877–1879 wybudowano Kościół św. Jana Apostoła i Ewangelisty w Bydgoszczy oraz kościół ewangelicki pod wezwaniem św. Jana. Koniec XIX w. i początek XX w. to epoka rozwoju przemysłu. W tym czasie powstało wiele przedsiębiorstw i fabryk, m.in. tartak (1889), cegielnia (1889), rozebrana w lipcu 2014), fabryka papy dachowej (1895) i wiele innych. W latach 1891–1893 wybudowano most fordoński im. Rudolfa Modrzejewskiego w Bydgoszczy według projektu prof. Georga Christopha Mehrtensa. Koszt jego budowy wyniósł 10 mln marek w złocie.
20 stycznia 1920 roku miasto zostało uroczyście przejęte przez władze polskie. W okresie międzywojennym w mieście istniała szkoła szybowcowa i lotnisko dla szybowców. We wrześniu 1939 roku miasto zostało włączone do Trzeciej Rzeszy. Podczas II wojny światowej w Dolinie Śmierci na fordońskich „górkach” Niemcy wymordowali kilka tysięcy mieszkańców Bydgoszczy i Fordonu, co upamiętniają pomnik i groby ofiar. 26 stycznia 1945 roku cofające się wojska niemieckie zniszczyły fordoński most, a następnego dnia Fordon został wyzwolony spod okupacji hitlerowskiej.
Koncepcja włączenia Fordonu do Bydgoszczy pojawiła się w związku z bliskim sąsiedztwem i szukaniem nowych terenów dla budownictwa mieszkalnego. Jeszcze w maju 1964 roku Wojewódzka Rada Narodowa w Bydgoszczy przyjęła uchwałę, według której scalenie obydwu ośrodków miałoby nastąpić w 1970 roku. W marcu 1968 roku odbyło się pierwsze z wielu zebrań i konsultacji Prezydium Miejskiej i Powiatowej Rady Narodowej w Bydgoszczy. W roku kolejnym podjęto decyzję o wybudowaniu na granicy Fordonu i Bydgoszczy Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy im. Jana i Jędrzeja Śniadeckich w Bydgoszczy (Zespołu Szkół Wyższych – ATR), co miało przesądzić o połączeniu obu ośrodków. W dniu 8 grudnia 1972 roku podjęto uchwałę o przyłączeniu Fordonu do Bydgoszczy. Weszła ona w życie z dniem 1 stycznia 1973 roku. W chwili przyłączenia Fordon liczył 8700 mieszkańców i zajmował obszar niespełna 840 ha. Prace przygotowawcze do połączenia obu miast prowadziła specjalna komisja obydwu miejskich rad narodowych, funkcjonująca dopiero od grudnia 1972. W efekcie połączenia Fordon uzyskał drugą (po linii 101) linię komunikacji miejskiej (65 – początkowo z ul. Wyścigowej), obniżenie cen wody oraz wysokości opłat najmu za lokale komunalne. Dopiero pod koniec 1973 roku kosztem 1 mln ówczesnych złotych obniżono stawki za połączenia telefoniczne (aż do tamtej pory taryfikowane jak za rozmowy międzymiastowe). Połączenie obydwu miast spowodowało również konieczność przemianowania 51 nazw ulic, dublujących się z nazwami ulic w Bydgoszczy.
W roku 2014 przystąpiono do budowy linii tramwajowej łączącej Fordon z centrum miasta, a w 2015 – ul. Wyzwolenia w obrębie Starego Fordonu którą ukończono 8 lutego 2016 roku. W latach 2016–2018 przewiduje się remonty ulic Bydgoskiej, Promenada, Zakładowej, Frycza-Modrzewskiego, fragmentów ulic Nad Wisłą, Filomatów, Rybaki i Kapeluszników, wydłużenie ul. Ordynackiej od Sikorskiego do Cierpickiej oraz budowę parkingu przy ul. Rybaki. Ponadto planowane jest stworzenie chodnika i drogi rowerowej na ul. Promenada oraz ścieżek wzdłuż nabrzeża z małą architekturą (ławki, kosze, stojaki rowerowe, siłownie plenerowe), a także budowa niewielkiego portu na bulwarach.
Obecnie Fordon jest największą dzielnicą Bydgoszczy którą zamieszkuje ~70 000 ludności.